Fernando Ayala se desempeña desde el año 2023 como profesor adjunto del Instituto de Ciencia Política de la Pontificia Universidad Católica, en Santiago de Chile, donde enseña el curso «Política Exterior de Chile». Previamente, hasta el mes de septiembre de 2022, fue Subsecretario de Defensa designado por el Presidente Gabriel Boric. Entre los años 2020-2022 tuvo el cargo de Subdirector de Desarrollo Estratégico y Relaciones Institucionales de la Universidad de Chile. Entre 2018-20 trabajó como funcionario de Naciones Unidas en FAO, Roma, en la División de Cooperación Sur-Sur como Consejero Especial de Asuntos Parlamentarios, ocupándose de maneras de asociatividad, temas parlamentarios y de cooperación Sur-Sur. Durante 2018 formó parte del equipo organizador de la primera Cumbre Mundial Parlamentaria contra el Hambre y la Desnutrición celebrada en Madrid. Anteriormente, coordinó y comprometió la participación de los parlamentos nacionales en diferentes continentes colaborando estrechamente con los patrocinadores de la Cumbre, como la Agencia de Cooperación Internacional de España y la Comisión Europea.

Ayala renunció al cargo de Embajador de Chile el 10 de marzo de 2018 y con ello al Ministerio de Relaciones Exteriores, donde estuvo 36 años. En su carrera diplomática se desempeñó como Embajador en Asia, en Vietnam; en el Caribe, en Trinidad y Tobago concurrente en Surinam, Guyana, San Vicente y las Granadinas, Barbados y Granada. En Europa fue Embajador en Portugal y en Italia, acreditado ante FAO, PMA (Programa Mundial de Alimentos) y FIDA (Fondo Internacional de Desarrollo Agrícola), concurrente también en Malta y San Marino. Graduado en economía en la Universidad de Zagreb, en Croacia, tiene una maestría en ciencia política y relaciones internacionales de la Universidad Católica de Chile. Asimismo, completó los estudios de la Academia Diplomática de Chile y alcanzó a cursar un año de Historia en la Universidad de Chile.

Su primer puesto diplomático fue en Ecuador, por unos pocos meses de práctica y luego Corea del Sur (entre 1985 y 1988), donde trabajó en la Embajada de Chile en Seúl. Durante un año fue Encargado de Negocios a.i. Le correspondió entre otras materias apoyar las gestiones de participación de Chile en los Organismos Empresariales del Pacífico que luego pasaron a ser el APEC. En 1988 fue enviado como Cónsul a Estocolmo donde permaneció hasta 1991 que regresó a Santiago a trabajar en el Departamento de Europa, como analista durante la guerra civil yugoslava.

Posteriormente fue designado como Jefe de Gabinete del Director General Administrativo. En diciembre de 1994 fue destinado a reabrir el Consulado General de Chile en Chicago, donde permaneció 5 años. Su principal tarea fue apoyar los esfuerzos negociadores de la firma del Acuerdo de Libre Comercio con Estados Unidos. Organizó y condujo 3 misiones empresariales a Chile encabezadas por los gobernadores de Wisconsin, Ohio y Missouri respectivamente, junto con marcar una fuerte presencia cultural de Chile en Chicago. De vuelta en Chile, entre 1999 y 2001 trabajó como analista en la Dirección General Económica, en el departamento que negociaba el Acuerdo de Libre Comercio con Estados Unidos.

Sucesivamente asumió como Jefe de Gabinete del Subsecretario de Relaciones Exteriores, hasta 2002, en que pasó a desempeñar tareas políticas en el gobierno del ex Presidente Ricardo Lagos, trabajando en La Moneda como Jefe de Gabinete del Ministro Secretario General de Gobierno. En 2003 asesoró por pocos meses al Ministro de Educación para luego partir al Consulado General de Chile en Milán, Italia. Estando ahí fue ascendido al grado de Embajador de Chile y destinado a Vietnam, donde permaneció hasta 2004. Le correspondió abrir la Embajada y ser el primer Embajador en ese país. Se abocó fundamentalmente a las tareas de promoción económica y comercial apoyando a empresas y representantes chilenos.

En 2006 fue llamado por la recién electa Presidenta Michelle Bachelet a acompañarla como su Director General de Ceremonial y Protocolo, cargo que mantuvo por 3 años y medio hasta 2009. Le correspondió organizar y acompañar a la Presidenta en todos sus viajes internacionales. Paralelamente fue profesor en la Escuela de Ciencia Política de la Universidad Diego Portales, impartiendo el curso «Chile y el Sistema Internacional». En julio de 2009 asumió como Embajador en Portugal donde vivió hasta 2012 en que fue trasladado a Trinidad y Tobago, concurrente en 6 países. La permanencia en el Caribe le permitió compenetrarse de la realidad política, económica y social de esa región. En 2014 fue destinado a la Embajada de Chile en Italia donde desarrolló una amplia red de contactos, especialmente en el área económica y comercial invitando a los empresarios a visitar e invertir en Chile. Acompañó al Premier italiano, Matteo Renzi, en una visita de 3 días que efectuó a Chile junto a un centenar de empresarios.

Ayala ha sido condecorado por varios gobiernos, incluyendo a Italia, Francia y Holanda entre otros. También ha publicado artículos especializados en medios de prensa en Chile, Estados Unidos y España. Desde 2018 hasta 2022 escribió regularmente sobre política internacional en Meer Magazine que publica sus artículos en español, inglés, italiano y alemán. También las publicaciones nacionales como The Clinic, La Mirada Semanal, Other News y SurySur. Además de su lengua materna, el español, habla correctamente inglés, italiano, serbocroata, portugués, regularmente francés y algo de alemán. Está casado con Anke Kessler, de nacionalidad alemana y es padre de dos hijos.