Fernando Ayala è professore aggiunto presso l'Istituto di Scienze Politiche della Pontificia Universidad Católica di Santiago del Cile, dove insegna il corso "Politica estera del Cile" dal 2023.

In precedenza, fino a settembre 2022, è stato Sottosegretario alla Difesa nominato dal Presidente Gabriel Boric. Tra il 2020-2022 ha ricoperto il ruolo di Vicedirettore dello Sviluppo Strategico e delle Relazioni Istituzionali presso l'Università del Cile.

Tra il 2018-20 ha lavorato come funzionario delle Nazioni Unite presso la FAO, a Roma, nella Divisione Cooperazione Sud-Sud come Consigliere Speciale per gli Affari Parlamentari, occupandosi di partenariato, questioni parlamentari e cooperazione Sud-Sud.

Nel 2018, ha fatto parte della squadra organizzativa del primo Vertice globale parlamentare contro la fame e la malnutrizione, tenutosi a Madrid. In precedenza, ha coordinato e coinvolto la partecipazione dei parlamenti nazionali in diversi continenti, lavorando a stretto contatto con gli sponsor del Summit, come l'Agenzia spagnola per la cooperazione internazionale e la Commissione europea.

Ayala si è dimesso da Ambasciatore del Cile il 10 marzo 2018 e con esso dal Ministero degli Affari Esteri, dove ha trascorso 36 anni. Nella sua carriera diplomatica è stato Ambasciatore in Asia, in Vietnam; nei Caraibi, a Trinidad e Tobago, contemporaneamente a Suriname, Guyana, St. Vincent e Grenadine, Barbados e Grenada. In Europa è stato Ambasciatore in Portogallo e in Italia, accreditato presso la FAO, il PAM (Programma Alimentare Mondiale) e l'IFAD (Fondo Internazionale per lo Sviluppo Agricolo), in concomitanza anche a Malta e San Marino.

Laureato in economia presso l'Università di Zagabria in Croazia, ha conseguito un master in scienze politiche e relazioni internazionali presso l'Università Cattolica del Cile. Ha anche completato gli studi presso l'Accademia diplomatica del Cile e un anno di Storia presso l'Università del Cile.

Il suo primo incarico diplomatico è stato in Ecuador, per alcuni mesi di pratica, e poi in Corea del Sud (tra il 1985 e il 1988), dove ha lavorato presso l'Ambasciata del Cile a Seoul. È stato Incaricato d'Affari a.i. per un anno. Tra le altre cose, si è occupato di sostenere la partecipazione del Cile alle Organizzazioni imprenditoriali del Pacifico, che poi sono diventate APEC. Nel 1988 è stato inviato come Console a Stoccolma, dove è rimasto fino al 1991, quando è tornato a Santiago per lavorare nel Dipartimento Europa come analista durante la guerra civile jugoslava. Successivamente, è stato nominato Capo di Gabinetto del Direttore Generale dell'Amministrazione.

Nel dicembre 1994, è stato incaricato di riaprire il Consolato Generale del Cile a Chicago, dove è rimasto per 5 anni. Il suo compito principale è stato quello di sostenere gli sforzi di negoziazione per la firma dell'Accordo di Libero Commercio con gli Stati Uniti. Ha organizzato e guidato tre missioni d'affari in Cile guidate dai Governatori di Wisconsin, Ohio e Missouri rispettivamente, oltre a segnare una forte presenza culturale del Cile a Chicago.

Tornato in Cile, tra il 1999 e il 2001 ha lavorato come analista presso la Direzione Economica Generale, nel dipartimento che ha negoziato l'Accordo di Libero Commercio con gli Stati Uniti.

Successivamente, è diventato Capo di Gabinetto del Sottosegretario agli Affari Esteri fino al 2002, quando è passato a compiti politici nel Governo dell'ex Presidente Ricardo Lagos, lavorando a La Moneda come Capo di Gabinetto del Ministro Segretario Generale del Governo. Nel 2003, è stato consulente del Ministro dell'Educazione per alcuni mesi, prima di partire per il Consolato Generale del Cile a Milano, in Italia.

Durante questo periodo, è stato promosso al rango di Ambasciatore del Cile e inviato in Vietnam, dove è rimasto fino al 2004. Si è occupato dell'apertura dell'Ambasciata ed è stato il primo Ambasciatore in quel Paese. Si è concentrato principalmente sulla promozione economica e commerciale, sostenendo le aziende e i rappresentanti cileni.

Nel 2006 è stato chiamato dalla neoeletta Presidente Michelle Bachelet ad accompagnarla come Direttore Generale del Cerimoniale e del Protocollo, posizione che ha ricoperto per tre anni e mezzo fino al 2009. Era responsabile dell'organizzazione e dell'accompagnamento della Presidente in tutti i suoi viaggi internazionali.

Allo stesso tempo, è stato professore presso la Scuola di Scienze Politiche dell'Università Diego Portales, insegnando il corso "Il Cile e il Sistema Internazionale". Nel luglio 2009 è diventato Ambasciatore in Portogallo, dove ha vissuto fino al 2012, quando è stato trasferito a Trinidad e Tobago, da dove ha prestato servizio in 6 Paesi.

Il suo soggiorno nei Caraibi gli ha permesso di conoscere la realtà politica, economica e sociale di quella regione. Nel 2014 è stato assegnato all'Ambasciata del Cile in Italia, dove ha sviluppato un'ampia rete di contatti, soprattutto nell'area economica e commerciale, invitando gli uomini d'affari a visitare e investire in Cile. Ha accompagnato il Premier italiano, Matteo Renzi, in una visita di tre giorni in Cile, insieme ad un centinaio di uomini d'affari.

Ayala è stato decorato da diversi governi, tra cui Italia, Francia e Paesi Bassi. Ha anche pubblicato articoli specializzati sulla stampa in Cile, Stati Uniti e Spagna.

Dal 2018 al 2022 ha scritto regolarmente di politica internazionale sulla rivista Meer Magazine, che pubblica i suoi articoli in spagnolo, inglese, italiano e tedesco. Anche pubblicazioni nazionali come The Clinic, La Mirada Semanal, Other News y SurySur.

Oltre alla sua lingua madre, lo spagnolo, parla correntemente inglese, italiano, serbo-croato, portoghese, regolarmente francese e un po' di tedesco.

È sposato con Anke Kessler, di nazionalità tedesca, ed è padre di due figli.