Fernando Ayala ist seit 2023 Dozent am Institut für Politikwissenschaft der Pontificia Universidad Católica in Santiago, Chile, wo er den Kurs „Außenpolitik Chiles“ unterrichtet. Zuvor war er bis September 2022 Unterstaatssekretär für Verteidigung, ernannt von Präsident Gabriel Boric. Von 2020-2022 war er stellvertretender Direktor für strategische Entwicklung und institutionelle Beziehungen an der Universität von Chile. Von 2018-20 arbeitete er als UN-Beamter bei der FAO in Rom in der Abteilung für Süd-Süd-Kooperation als Sonderberater für parlamentarische Angelegenheiten, wo er sich mit Partnerschaft, parlamentarischen Fragen und Süd-Süd-Kooperation befasste.

Im Jahr 2018 war er Mitglied des Organisationsteams des ersten parlamentarischen Weltgipfels gegen Hunger und Mangelernährung in Madrid. Zuvor koordinierte sie die Teilnahme nationaler Parlamente aus verschiedenen Kontinenten und arbeitete eng mit den Sponsoren des Gipfels zusammen, darunter die Spanische Agentur für Internationale Zusammenarbeit und die Europäische Kommission. Ayala trat am 10. März 2018 als Botschafter Chiles und damit auch aus dem Außenministerium zurück, in dem er 36 Jahre lang tätig war. In seiner diplomatischen Laufbahn war er Botschafter in Asien, Vietnam, in der Karibik, Trinidad und Tobago, Surinam, Guyana, St. Vincent und den Grenadinen, Barbados und Grenada. In Europa war er Botschafter in Portugal und Italien, akkreditiert bei der FAO, dem WFP (Welternährungsprogramm) und dem IFAD (Internationaler Fonds für landwirtschaftliche Entwicklung), gleichzeitig in Malta und San Marino.

Er hat an der Universität Zagreb, Kroatien, Wirtschaftswissenschaften studiert und an der Katholischen Universität von Chile Politikwissenschaften und Internationale Beziehungen studiert. Darüber hinaus absolvierte er ein Studium an der Diplomatischen Akademie Chiles und ein einjähriges Geschichtsstudium an der Universität von Chile.

Seine erste diplomatische Tätigkeit führte ihn für einige Monate nach Ecuador und dann nach Südkorea (1985-1988), wo er an der chilenischen Botschaft in Seoul arbeitete. Ein Jahr lang war er Geschäftsträger a.i. Zu seinen Aufgaben gehörte die Unterstützung der chilenischen Beteiligung an der Pazifischen Wirtschaftsorganisation, der späteren APEC. 1988 wurde er als Konsul nach Stockholm entsandt, wo er bis 1991 blieb. 1991 kehrte er nach Santiago zurück, um während des jugoslawischen Bürgerkriegs als Analyst in der Europaabteilung zu arbeiten. Anschließend wurde er zum Kabinettschef des Generaldirektors der Verwaltung ernannt.

Im Dezember 1994 wurde er mit der Wiedereröffnung des chilenischen Generalkonsulats in Chicago beauftragt, wo er fünf Jahre blieb. Seine Hauptaufgabe bestand darin, die Verhandlungen zur Unterzeichnung des Freihandelsabkommens mit den USA zu unterstützen. Er organisierte und leitete drei Wirtschaftsmissionen der Gouverneure von Wisconsin, Ohio und Missouri nach Chile und sorgte für eine starke kulturelle Präsenz Chiles in Chicago.

Nach seiner Rückkehr nach Chile arbeitete er von 1999 bis 2001 als Analyst in der Generaldirektion für Wirtschaft in der Abteilung, die das Freihandelsabkommen mit den Vereinigten Staaten aushandelte. Anschließend wurde er Stabschef des Unterstaatssekretärs für auswärtige Angelegenheiten, bis er 2002 in die Regierung des damaligen Präsidenten Ricardo Lagos wechselte und als Stabschef des Regierungssprechers in La Moneda tätig war. Im Jahr 2003 beriet er für einige Monate den Bildungsminister, bevor er in das chilenische Generalkonsulat in Mailand (Italien) wechselte. Nach seiner Beförderung zum Botschafter von Chile wurde er bis 2004 nach Vietnam entsandt. Er war für die Eröffnung der Botschaft verantwortlich und war der erste Botschafter in diesem Land.

Er konzentrierte sich vor allem auf die Wirtschafts- und Handelsförderung und unterstützte chilenische Unternehmen und Repräsentanten. 2006 wurde er von der neu gewählten Präsidentin Michelle Bachelet als Generaldirektor für Zeremoniell und Protokoll berufen, ein Amt, das er dreieinhalb Jahre bis 2009 innehatte. Er war verantwortlich für die Organisation und Begleitung der Präsidentin auf allen ihren internationalen Reisen. Gleichzeitig war er Professor an der Fakultät für Politikwissenschaften der Universität Diego Portales und unterrichtete den Kurs „Chile und das internationale System“.

Im Juli 2009 wurde er Botschafter in Portugal, wo er bis 2012 blieb, bevor er nach Trinidad und Tobago versetzt wurde, von wo aus er in fünf Ländern akkreditiert war. Sein Aufenthalt in der Karibik ermöglichte es ihm, sich mit der politischen, wirtschaftlichen und sozialen Realität dieser Region vertraut zu machen. Im Jahr 2014 wurde er an die chilenische Botschaft in Italien versetzt, wo er ein breites Netzwerk an Kontakten, insbesondere im Bereich Wirtschaft und Handel, aufbaute und Geschäftsleute einlud, Chile zu besuchen und dort zu investieren. Er begleitete den italienischen Premierminister Matteo Renzi bei einem dreitägigen Besuch in Chile mit rund 100 Geschäftsleuten.

Ayala wurde von mehreren Regierungen ausgezeichnet, unter anderem von Italien, Frankreich und den Niederlanden. Außerdem hat er Fachartikel in der Presse in Chile, den USA und Spanien veröffentlicht. Seit 2018 schreibt er regelmäßig über internationale Politik für das Wall Street International Magazine, heute Meer, das seine Artikel auf Spanisch, Englisch, Italienisch und Deutsch veröffentlicht, und für nationale Medien wie The Clinic, La Mirada Semanal, Other News und SurySur. Neben seiner Muttersprache Spanisch spricht er fließend Englisch, Italienisch, Serbokroatisch, Portugiesisch, regulär Französisch und ein wenig Deutsch.