A microbiologia de alimentos é uma área da microbiologia que se refere ao estudo dos microrganismos presentes nos alimentos. Dentro dessa disciplina, destacam-se principalmente microrganismos responsáveis pela decomposição e degradação dos alimentos e patogênicos. Por outro lado, aqueles microrganismos usados como coadjuvantes de produção, como alimentos fermentados, são normalmente estudados separadamente.

Os microrganismos podem ser encontrados em diversos habitats, incluindo o ar, a água, o nosso corpo, o solo, plantas e animais, e não poderiam deixar de estar presentes inclusive nos alimentos que consumimos. A maior parte desses microrganismos age apenas degradando o alimento, deixando-o impróprio para consumo. Como consumidores, já tivemos algumas experiências desagradáveis ao deixar, por exemplo, o pão guardado por algum tempo e perceber que está embolorado, ou ao abrir a embalagem de leite, perceber que ele está acidificado. Ambos os fatos são ocasionados pela ação de microrganismos, que se multiplicam e alteram as propriedades dos alimentos.

Nesses casos, é fácil identificar quando o alimento está impróprio para o consumo e a hora de descartá-lo, porém em outros casos, há microrganismos que se multiplicam e podem ser nocivos aos seres humanos antes mesmo de alterarem os alimentos. Esses microrganismos são os chamados patogênicos. Normalmente, esses microrganismos não são naturais dos alimentos em que estão presentes, eles são introduzidos por contaminação. Isso pode ocorrer pelo próprio manipulador ao tocar o alimento, por contato com superfícies contaminadas ou como contaminação cruzada, por contato com outros tipos de alimentos.

O crescimento microbiano em alimentos depende de vários fatores, que podem ser intrínsecos ou extrínsecos. Dentre os fatores intrínsecos, estão pH (medida de acidez), atividade de água (medida de água disponível), potencial redox, valor nutricional dos alimentos e presença de compostos que possam inibir o crescimento microbiano. Fatores extrínsecos incluem temperatura e umidade, além da exposição do alimento a oxigênio ou gás carbônico.

A maioria dos microrganismos que contaminam os alimentos não são patogênicos, ou seja, não representam risco à saúde do ser humano, porém são responsáveis por grande parte da deterioração de alimentos. As doenças transmitidas por alimentos (DTA) podem ser agrupadas em três categorias: infecções, intoxicações e toxi-infecções. No caso das infecções, ocorre a ingestão de microrganismos que se multiplicam dentro do corpo do indivíduo, como por exemplo, Salmonella, E.coli, Bacillus cereus entre outros. Já as intoxicações são causadas pela ingestão de alimentos contaminados por alguma toxina produzida por microrganismos, como é o caso do Staphylococcus aureus e o Clostridium botulinum. Toxi-infecções ocorrem quando há a ingestão de alimentos contaminados por microrganismos que produzem toxinas dentro do corpo do hospedeiro, como no caso do Clostridium perfringens.

Os sintomas de infecções e intoxicações por alimentos variam de acordo com o microrganismo envolvido. Na maioria dos casos, envolvem sintomas como vômitos e diarréias, porém em muitos casos, os indivíduos podem apresentar febre, cansaço, inchaço e vermelhidão em alguma parte do corpo dentre outros. Contudo, indivíduos com boas condições de saúde normalmente não apresentam sintomas na maioria dos casos.

Não apenas o microrganismo envolvido é determinante para uma DTA, mas também o nível de exposição é o fator que aumenta o risco de desenvolver algum sintoma. Isso significa que se a contaminação não é alta o suficiente, não causará mal-estar em indivíduos saudáveis. Os limites variam de microrganismo a microrganismo e também de acordo com a toxina envolvida.

Os microrganismos são relativamente sensíveis à temperatura, então o cozimento ou aquecimento adequado dos alimentos, por tempo suficiente, pode ajudar a reduzir a contaminação e garantir um produto seguro. Porém, a temperatura, se mal-empregada, como temperatura ou tempo insuficiente, pode até induzir o crescimento microbiano.

Por outro lado, algumas toxinas são altamente resistentes ao calor e, uma vez produzidas, não há como eliminá-las, como é o caso das micotoxinas, produzidas por fungos. Nesses casos, o controle deve ser preventivo.

Quanto a produção de alimentos é realizada sob rigoroso controle de qualidade, tanto em indústrias como no preparo doméstico, os riscos são mitigados a níveis aceitáveis. Isso evidencia o papel protagonista da segurança de alimentos desde a produção das matérias primas até o produto chegar à mesa do consumidor.