Voluta dal cardinale Ippolito II d'Este, nominato Governatore civile della città di Tivoli da papa Giulio III, che lo volle in questo modo compensare dopo averlo sconfitto nella corsa per diventare pontefice, Villa d'Este nacque in un luogo che aveva un nome felice: "Valle Gaudente". Era una breve e piccola vallata che scendeva delicatamente tra le dolci pendici ricolme di vigne e di oliveti, percorse da stradette campestri e sterrate, popolate da case contadine bianche con tetti che tendevano al rosso, da ruderi quasi di color dorato, da qualche tabernacolo e da una piccola ma significativa chiesa. La Villa dunque sorse ai limiti della città medievale di Tivoli insediandosi su una preesistente costruzione sede del governo, al confine con due edifici che non potevano essere toccati per ovvi motivi: la chiesa di Santa Maria Maggiore e quella di San Pietro.
La Villa è famosissima per le sue meraviglie artistiche e in special modo per i molteplici giochi d'acqua che trasportano il visitatore in una reggia d'altri tempi, dove l’acqua appunto la fa da padrona e il senso di freschezza avvolge l’intero percorso. Le numerosissime fontane sono alimentate dall'acqua dei molti canali adduttori del fiume Aniene che attraversano la città e sono ubicate in giardini all'italiana di bellezza difficilmente eguagliabile, ombreggiati da antichissimi a dir poco secolari cipressi e sequoie. Ippolito II d'Este ebbe a disposizione oltre al grande architetto, Pirro Ligorio, un numero enorme di artisti e di artigiani locali e anche internazionali; era tanta la celerità del lavoro che gli edifici, le fabbriche, i viali spuntavano e crescevano con una velocità da definirsi moderna. In pochi anni il Cardinale riuscì a completare quasi del tutto la Villa. Per la realizzazione della Villa, durata circa 20 anni a partire dal 1550, il Cardinale dette l'incarico all'architetto napoletano appunto Pirro Ligorio.
La prima fase di costruzione consistette nell'opera di trasformazione dell'antico convento dei Francescani, situato accanto alla chiesa di Santa Maria Maggiore, in palazzo. Furono operati notevoli ampliamenti rispetto alla costruzione originaria, e furono installate delle condutture idrauliche affinché le acque dell'Aniene potessero alimentare le numerose fontane e potessero fornire acqua nei lavori preparatori per l'allestimento del giardino. La fontana di Nettuno è senza dubbio una delle fontane più scenografiche e più ammirate non solo per la sua bellezza visiva, ma anche per l’architettura idraulica che si intuisce, infatti colpisce la quantità d'acqua che per le leggi naturali viene proiettata in altissime colonne che a volte prendono i colori dell'arcobaleno quando il sole le illumina, oppure danno effetti maestosi all’imbrunire e un senso di freschezza e di vaporizzazione nelle estati afose e torride. Al centro, tra gli altissimi zampilli, scende una magnifica cascata in fondo alla quale, attraverso il velo dell'acqua, si intravede il busto del dio Nettuno, che dà il nome alla fontana. La statua, realizzata nel XVI secolo, doveva essere collocata nella fontana del Mare, un'esedra vicina alla terrazza, mai realizzata dal Cardinale Ippolito II a causa delle difficoltà economiche. Il dorso della statua fu quindi utilizzato e collocato nella nicchia sotto la cascata.
La fontana del Bernini, tramandata dalle incisioni di Venturini e dai disegni di Fragonard, costituì un vero e proprio modello da imitare in tutti i più famosi giardini del Settecento, dalla Reggia di Caserta fino ai giardini paesistici inglesi. Nei primi decenni del XX secolo, dopo quasi due secoli di abbandono, le strutture della cascata berniniana erano ormai state compromesse irreparabilmente. L'incarico per un sostanziale restauro della cascata fu affidato ad Attilio Rossi che, intorno al 1930, con la collaborazione dell'ing. Emo Salvi, risistemò; il dislivello tra la fontana dell'Organo e le Peschiere creando la fontana scenografica che ancora oggi è possibile ammirare.
Le Cento Fontane è uno dei luoghi più belli, indimenticabili, fotografati, scelto come scenografia di numerosi film: si tratta di un viale che unisce la Fontana di Tivoli o dell'Ovato alla Fontana di Roma o Rometta. La Fontana è strutturata su tre piani in cui scorrono simbolicamente le acque di tre "fiumi": Albuneo, Aniene e Ercolaneo, gli stessi che "scendono" dalle rocce del piano superiore della fontana dell'Ovato e che poi confluiscono nella fontana della Rometta simboleggiante il fiume Tevere. Si tratta di circa cento fontane a forma di gigli, di aquile, di obelischi, di barchette da cui fuoriesce zampillando l'acqua gorgogliante. La presenza di gigli e aquile è chiaramente riconducibile allo stemma estense. Anche la pavimentazione del viale in mosaico di marmi antichi contribuisce a rendere il luogo particolarmente elegante e raffinato oltre che artistico mentre sul lato prospiciente i cento zampilli si rincorrono variopinte aiuole che insieme al verde riposante degli alberi danno al visitatore frescura e serenità e soprattutto colori per cosi dire di stagione. A metà viale la vegetazione si apre poi per lasciare posto a una splendida balconata da cui si può ammirare la sottostante Fontana dei Draghi a cui si accede grazie a una splendida doppia scala circolare.
La Villa è aperta tutto l’anno al visitatore, ci sono momenti di cultura e di arte non indifferenti che si avvalgono dell’ambientazione per esaltare i propri temi, alcune giornate sono dedicate alle visite gratuite. Consiglio vivamente a tutti coloro che si trovano a Roma e nelle vicinanze di passare un pomeriggio in questo capolavoro italiano, in particolare nelle afose estati romane.