Na era moderna, crocodilos e jacarés são um grupo de animais pouco diversificado. Existem apenas 23 espécies, todas com corpo semelhante, alterando-se apenas pequenos detalhes como o formato da cabeça, o tamanho e o habitat. Mas, durante a história da Terra, os crocodilos foram um dos maiores sucessos da evolução, assumindo uma grande diversidade de formas, dietas e estratégias de sobrevivência, com alguns deles conseguindo viver no oceano, no alto das árvores ou em desertos.

Os crocodilos são mais antigos que a maioria dos demais animais de grande porte modernos, tendo o grupo surgido antes mesmo de seus primos dinossauros e de seus rivais mais jovens: aves, mamíferos, cobras e lagartos.

Crocodilos e dinossauros são animais próximos que evoluíram de um mesmo ancestral. Ambos pertencem ao grupo conhecido como arcossauros. Durante o começo da chamada era dos répteis, o grupo se dividiu em dois ramos: os Pseudosuchus (formado pelos parentes dos crocodilos) e os Avemetatarsalia (constituído atualmente pelas aves, mas que no passado incluía os dinossauros e pterossauros).

A era dos répteis é lembrada na cultura pop principalmente pela presença dos dinossauros. Apesar de o grupo ter existido durante quase todo o período, eles não eram os únicos grandes répteis da época e nem foram os animais dominantes por todo o período. A era dos répteis pode ser dividida em três períodos diferentes: Triássico, Jurássico e Cretáceo.

Mesmo que os dinossauros tenham existido em todos os três, eles dominaram a terra apenas nos dois últimos. No Triássico, ainda eram animais pequenos e ágeis que precisavam se esconder de predadores maiores e mais perigosos. Nessa época, uma grande diversidade de animais estranhos, sem paralelo no mundo moderno, estava presente, como os exóticos rincossauros, pequenos animais vagamente semelhantes a lagartos, mas com um bico que os ajudava a comer plantas. Como os dinossauros eram pequenos, os Pseudosuchus (parentes e ancestrais dos crocodilos) eram os animais dominantes, e uma grande diversidade deles habitava o mundo primitivo.

O nome Pseudosuchus significa "falsos crocodilos" em latim, pois a maior parte do grupo não era composta de crocodilos modernos, ainda que apresentassem semelhanças. Entretanto, entre os primeiros animais, grande parte não se parecia com crocodilos e, provavelmente, seriam confundidos com dinossauros pelo público. Entre eles estavam os aetossauros.

Os aetossauros eram um grupo de animais herbívoros, alguns grandes como porcos ou cabras. Apesar de serem répteis, não se assemelhavam a nenhum dos que existem atualmente. Tinham cabeças pequenas e suas bocas possuíam um bico que os ajudava a pegar folhas das plantas, além de dentes. Possuíam pernas compridas e uma couraça óssea revestindo o corpo, semelhante à de um tatu; alguns chegavam a ter chifres nas costas para aumentar sua proteção. Como os crocodilos atuais, os aetossauros faziam ninhos e cuidavam dos ovos antes de eles nascerem.

A armadura óssea dos aetossauros provavelmente os protegia de grandes predadores da época, como os rauisucos. Esses animais eram parecidos com os dinossauros carnívoros famosos dos filmes, como o T-Rex, que só apareceria milhões de anos depois, mas havia uma diferença: os rauisucos caminhavam sobre quatro patas, como os crocodilos modernos, enquanto todos os dinossauros predadores andavam sobre duas pernas, assim como suas descendentes, as aves.

Os rauisucos estavam entre os grandes predadores do Triássico, podendo matar praticamente qualquer animal da época, inclusive os primeiros dinossauros, que ainda não eram maiores do que um ser humano. Alguns dos rauisucos e seus primos chegavam a 6 metros de comprimento, comparáveis aos maiores crocodilos atuais.

Entre seus rivais por presas estavam os popossauros, que eram bastante semelhantes aos dinossauros, andando sobre duas patas, ainda que não de modo tão elegante e gracioso como seus primos mais conhecidos, e o estranho arizonassauro, que possuía uma vela nas costas, similar ao dinossauro chamado espinossauro (presente no filme Jurassic Park 3), que apareceria milhões de anos depois.

Nos rios do Triássico, ainda não viviam crocodilos como os conhecemos hoje, mas seus primos já estavam presentes e eram chamados de fitossauros. Embora não sejam os animais que atualmente reconhecemos, seus corpos eram muito similares aos dos crocodilos, pois tinham um estilo de vida semelhante, passando a maior parte do tempo na água, comendo pequenos peixes para afastar a fome, enquanto esperavam a chegada de algum animal maior para matar a sede, atacando a vítima distraída e puxando-a para dentro d'água.

No final do Triássico, uma extinção eliminou a maior parte dos grandes animais da época. Os sobreviventes eram principalmente mamíferos (ainda bem pequenos), crocodilos (mas não seus primos), dinossauros e pterossauros. Sem seus parentes maiores, os pequenos dinossauros da era tiveram a oportunidade de crescer até tamanhos colossais, tornando-se as maiores criaturas da Terra. O período Jurássico viu, finalmente, os dinossauros no controle do planeta. Entretanto, seus parentes não desapareceram e prosperaram.

Os primeiros crocodilos eram similares aos atuais, com corpos de design reconhecível, porém menores, e não viviam na água. Tinham pernas compridas e se alimentavam de pequenos animais em terra. Entre eles estava o protocuco, que tinha o tamanho de um gato.

Apesar do início modesto em tamanho, o grupo cresceu e se diversificou, ocupando diversos ambientes. Entre os membros de destaque estavam os talatossuquios, crocodilos que se especializaram para viver nos oceanos, com suas patas transformadas em nadadeiras e seu corpo adaptado para ser mais hidrodinâmico. Esses crocodilos enfrentaram a feroz competição dos vários répteis e peixes enormes que habitavam os mares da era, o que pode ter contribuído para seu desaparecimento.

Se especializando em vários ambientes, alguns crocodilos chegaram a ocupar desertos, como o exótico armadilosuquios, que ganhou esse nome por ter uma carapaça semelhante à dos tatus. Ao contrário dos crocodilos modernos, era um animal versátil que se alimentava tanto de plantas quanto de animais.

Outro crocodilo era o adamantinosúquio, do tamanho de um rato, que se alimentava de insetos. Seu primo, o baurusúquio, que vivia no Brasil, era um predador e necrófago (comedores de carcaças abandonadas) com hábitos terrestres que provavelmente caçava presas como o moderno dragão de Komodo. Com ele viviam os notosuquios, crocodilos com focinho de porco que reviravam o solo para desenterrar plantas e pequenos animais.

Ao contrário dos animais modernos, muitos crocodilos da época eram vegetarianos e não caçavam. Alguns deles eram ágeis e podiam até subir em árvores para pegar folhas. Como o pakasúquio, do tamanho de um gato, que se alimentava de folhas. Outros herbívoros, como o simosuquio, tinham uma armadura semelhante à das tartarugas e provavelmente eram animais lentos que viviam no solo, alimentando-se de arbustos.

Mas crocodilos semelhantes aos atuais já existiam, e alguns chegavam a tamanhos enormes, grandes o suficiente para matar dinossauros. Esse era o caso do deinosúquio, que caçava dinossauros de modo similar ao que os crocodilos africanos atuais fazem com zebras, puxando-as para a água quando estavam distraídas bebendo. Ainda maior que ele era o sarcosúquio, semelhante ao moderno gavial da Índia, mas muito maior, chegando a 12 metros de comprimento.

Ao contrário dos demais répteis, a extinção do final do Cretáceo, causada por um gigantesco meteoro, não exterminou os crocodilos, mas sua diversidade foi afetada. Eles nunca teriam tantas formas e estilos de vida quanto antes, mas os que sobreviveram puderam prosperar sem ter que lutar contra seus primos mais bem-sucedidos. O novo mundo que estava se formando tinha intensa competição de mamíferos, aves, lagartos, cobras e até tartarugas.

Mas os crocodilos saíram na frente, o que permitiu que fossem alguns dos predadores mais assustadores do começo da era, quando seus rivais ainda estavam crescendo para ocupar espaço. No início da era dos mamíferos, quando os animais ainda eram pequenos, os crocodilos terrestres capazes de correr eram os predadores dominantes. Alguns deles talvez fossem capazes de correr sobre as patas traseiras, semelhante a um dinossauro. O mais icônico desses primeiros predadores era o boverisúquio, que tinha cascos nos dedos para ajudá-lo a correr atrás das presas.

Conforme a evolução dos mamíferos avançava, novos predadores surgiram para competir com os crocodilos, limitando seu espaço. Embora tivessem perdido sua primazia, os crocodilos corredores sobreviveram durante toda a era dos mamíferos, com alguns deles chegando a ser os maiores predadores desde o desaparecimento dos dinossauros, como o barinosúquio, que chegava a 7 metros de comprimento. O último desses animais, conhecido como quinkana, ainda vivia na Austrália quando os primeiros humanos chegaram ao local, há apenas 50.000 anos, e provavelmente competiu com eles.

O momento que marcou um pequeno apogeu dos crocodilos foi há 20 milhões de anos, no período chamado de mioceno. Nessa fase da Terra, a região onde hoje está a floresta Amazônica era ocupada por um mar interior que cortava o continente e ocupava um terço da América do Sul. Esse enorme espaço aquático foi habitado por uma grande diversidade de jacarés, com alguns chegando ao tamanho de pequenas baleias. Pelo menos 17 espécies viveram nesse ecossistema. Entre elas, o mourasúquio, que possuía uma boca semelhante à de um pelicano, capaz de se encher de água para capturar peixes.

Outro animal era o griposúquio, especializado em caçar peixes. O predador dominante desse mar interior foi o purussauro, o maior membro da família dos crocodilos que já viveu, chegando a 13 metros de comprimento e provavelmente atacando os grandes animais que viviam próximos à água.

Os crocodilos são um dos grandes destaques da evolução, tendo sobrevivido a duas das maiores extinções da Terra e a várias das menores. Apesar da grande diversidade, os animais que caçam por emboscada nos rios e lagos existem sem grandes mudanças há 200 milhões de anos e podem ainda estar aqui mesmo depois que a humanidade desaparecer.