On trouve, à Madagascar, des traces d’occupation humaine dès le 6° siècle de notre ère, près de l’actuelle Diégo Suarez dans des abris sous roche. Certains travaux récents de Dewar disent que l’homme serait même arrivé au début du premier millénaire. Mais pour Nosy Be et la Baie d’Ampasindava ce n’est qu’à partir du 10° siècle que l’on a la preuve d’une présence de l’homme.
A cette période se crée au fond de la baie une ville appelée Mahilaka. Elle a été fouillée par plusieurs archéologues (Poirier, Verin, Wright, Radimilahy). Elle a été active pendant 4 siècles et a compté jusqu’à 3000 habitants. On peut encore voir les murs d’une forteresse. Elle tirait sa richesse de l’exportation de copal, de fer, de chloritoschiste, de cristal de roche, d’or et très probablement d’esclaves. Elle était en lien maritime avec une large partie de l’Océan Indien. On est ici à la limite ouest du Monde swahili centré sur la côte-est africaine. D’autres cités du Nord-Ouest malgache (Nosy Manja, Sada, Antsoheribory: Verin a parlé d’échelles dans sa thèse) se développent à la même époque. A Madagascar on parle des Antalaotra (les gens venus d’ailleurs).
Il est important de noter les grandes similitudes entre Mahilaka et Dembeni site historique de Mayotte. Les deux cités sont contemporaines. Les deux étaient ouvertes sur l ‘Océan Indien. Elles ont disparu pratiquement en même temps. Donnons d’autres éléments de ressemblance: villes portuaires, absence de tombes mises à jour, présence de cristal de roche et d’industrie du fer, tessons de chloritoschiste. Leur peuplement est inconnu mais nous pensons qu’il avait des liens avec le monde indien ou austronésien.
Sur Nosy Be, les archéologues ont retrouvé les preuves d’une occupation humaine pendant cette période Mahilaka. A Madirokely, par exemple, on a trouvé des tessons de sgraffiato qui prouvent des liens commerciaux avec le Proche orient. Il y avait aussi des relations commerciales avec l’Extrême-Orient comme en témoignent des fragments de céladon et de poteries à glaçure verte. D’autres sites de la même période ont été fouillés mais l’urbanisation les détruit peu à peu. Un hôtel a par exemple été bâti sur l’un des sites.C’est surtout sur la côte ouest de Nosy Be que l’on a trouvé ces preuves d’habitat. Le site d’Ambanivato situé en face de Sakatia, a une superficie de deux hectares.
A la période Mahilaka succède la phase Mamoko du nom d’un petit archipel situé du côté ouest de la Baie d’Ampasindava. On y voit de nos jours les ruines d’une mosquée et de deux maisons entrepôts. L’activité couvre la période du 15° et 16° siècle. Comme pour la période précédente, on trouve sur Nosy Be quelques sites de cette période. Sa fin correspond à l’avènement d’un puissant royaume : celui de Hongomaro (beaucoup de palétuviers) Tongoamaro ou Tingimaro (1540-1623). Il fait continuellement la guerre à ses voisins. Il vend ses prisonniers aux Antalaotra qui les revendent aux européens. Il serait mort empoisonné. La légende veut qu’à sa mort (cachée pendant un an) son harem ait été sacrifié (400 femmes).
On possède des témoignages sur ce roi car les Européens sont arrivés dans l’Océan Indien en 1488. Le père jésuite portugais, Luis Mariano, a exploré toute la côte Ouest de Madagascar et il parle d’une visite au roi dans sa capitale Ankoala. On peut se documenter sur le sujet en lisant les COACM des Grandidier père et fils. Ankoala n’a pas été retrouvé mais nous pensons l’avoir localisée.
Des anglais ont tenté de coloniser en 1650, Nosy Be qui portait alors le nom d’Assada ou Sada (l’île a aussi été appelée Vario be par les Sakalava). Ils ont rendu visite au roi avant d’être décimé par les fièvres et les assassinats. Le sponsor de l’expédition leur avait pourtant vanté le caractère paradisiaque d’Assada. Il disait en latin Quaerenda pecunia premium Cherchons l’argent d’abord ! La colonie était gouvernée par le Lieutenant-Colonel Robert Hunt. Il était aux ordres de William Courteen fondateur d’une société coloniale en Angleterre. Les Anglais, échaudés, n’interviendront directement à Madagascar qu’au début du 19° siècle.