Der fünfte Teil des Hauses macht 200 Jahre österreichische Marinegeschichte deutlich, von den Anfängen bis zum Ersten Weltkrieg, von den Forschungs- und Entdeckungsreisen bis zum Ende der maritimen Präsenz Österreichs.

Die Marineausstellung wurde erst nach dem Zweiten Weltkrieg der permanenten Ausstellung hinzugefügt. Mittlerweile ist sie eines der Herzstücke des Museums geworden, die von der einstigen Seemacht Österreich erzählt.

Die ausgestellte Sammlung soll deutlich machen, wie sehr die österreichische Flotte zwischen militärischen Erfordernissen und dem Bemühen, Europa und der Welt ein bedeutendes Forschungsinstrument zur Verfügung zu stellen, angesiedelt war. Neben den großartigen Galionsfiguren und Schiffsmodellen oder auch den einzigen erhalten gebliebenen Ballonabwurfbomben (System Uchatius), die 1849 bei der Belagerung Venedigs zum Einsatz kamen, finden sich in diesem Abschnitt Erinnerungsstücke an die meisten Flottenkommandanten und Darstellungen der österreichischen Flottenpräsenz. Die Schiffe der österreichischen Kriegsmarine dienten nicht zuletzt dazu, Forschungsreisen durchzuführen, Mannschaften auszubilden und auf den Weltmeeren "Flagge" zu zeigen. So erinnert das Modell der Fregatte "Novara" an die erste Weltumsegelung eines österreichischen Kriegsschiffes in den Jahren 1857 bis 1859.