Die grafischen Bestände – hauptsächlich Veduten – lagen im alten Museum in Mappen auf, die vom Besucher durchgeblättert werden konnten, organisatorisch waren sie der Bibliothek zugeordnet. Erst seit der Wiedereröffnung des Museums 1967 gibt es für die Grafik einen eigenen Depotraum mit einem systematisch erfassten Fundus. Die Neuordnung der rund 25.000 Blätter erfolgte nach dem Vorbild der Albertina durch Franz Fuhrmann, Vorarbeiten hatte Otto Kunz geleistet. Seit damals hat sich sowohl die verfügbare Raumkubatur als auch der Bestand nahezu verdoppelt. 1983 wurde dem gestiegenen Stellenwert dieses Sammlungsbereiches dadurch Rechnung getragen, dass man ihn mit einem eigenen Kustodiat ausstattet.

Der Anteil von Blättern, die vor die Zeit der Museumsgründung zurückgehen, ist nicht allzu groß, da man nicht, wie vergleichbare Institutionen, auf bestehende alte Sammlungen zurückgreifen konnte. Die Stärke der Sammlung liegt – wie könnte es anders sein – bei den Salzburg-Ansichten, von den raren Zeugnissen des 16. und 17. Jahrhunderts über die barocken Stichfolgen bis zu den unzähligen Souvenirbildchen. Nicht allzu viele Städte in Europa haben Künstler in so großer Zahl als Motiv angeregt wie Salzburg. Neben dem topografischen Schwerpunkt, der natürlich auch das Salzburger Land mit klassischen Fremdenorten wie Bad Gastein und Zell am See umfasst, machen heimische Künstlerpersönlichkeiten des 19. und 20. Jahrhunderts den Großteil des Bestandes aus. Das Spektrum der Salzburger Kunst kann fallweise mit umfangreichen Nachlasskonvoluten bis in die jüngste Zeit abgedeckt werden. Zu den prominenten Namen wie Makart und Faistauer, die dank kontinuierlicher Ankäufe sehr gut vertreten sind, gesellte sich in jüngster Zeit Gottfried Salzmann. Eine Plansammlung, weitgehend identisch mit dem Archiv der Baumeisterfamilie Laschenzky, ist für die stadtgeschichtliche Bauforschung von großer Wichtigkeit.

Bei den „alten Ansichten“ sind nur noch verhältnismäßig kleine Lücken zu schließen, sodass das Augenmerk verstärkt auf die Künstlergrafik gerichtet werden kann. Eine schwer zu behebende Schwachstelle im Bestand ist die Zeit der künstlerischen Entdeckung Salzburgs im frühen 19. Jahrhundert. Prinzipiell sind auch Blätter von unerheblichem Marktwert sammelwürdig, das Interessensgebiet reicht hier in die Alltagskultur hinein.

Wegen der konservatorischen Bedenklichkeit können Papierarbeiten meist nur für kurze Dauer für Ausstellungen herangezogen werden. Es geht hier vielfach hauptsächlich um die Sicherung kulturhistorisch relevanten Materials, das für Interessenten zur Einsichtnahme jederzeit bereitgestellt werden kann. Jahr für Jahr partizipieren zahlreiche Publikationen von den reichhaltigen Beständen.