Die Museumsgründer hatten ihr Augenmerk auf vaterländische Altertümer gerichtet, sodass die Bildkunst im engeren Sinn in den Anfangsjahren noch wenig zum Tragen kam. Dennoch war bereits eine Pinacotheke vorgesehen, in der sich neben den sehr spärlichen Überresten der barocken fürstlichen Sammlungen das spätbiedermeierlich-kleinstädtische Kunstleben Salzburgs vertreten fand.

Man war fast ausschließlich von der Spendenfreude der Bürgerschaft abhängig, die sich vor allem mit Familienporträts, aber auch mit so manchem vor dem Untergang geretteten mittelalterlichen Kleinod am Wachstum der Sammlungen beteiligte. Dieser bescheidene Aktionsradius konnte erst seit den Aufbaujahren nach 1945 mit gezielten Ankäufen von Spitzenwerken durchbrochen werden. Nun fanden auch bis dahin unerschwingliche Größen wie Makart und Faistauer den Weg in die Sammlung, sekundiert von Malern wie Ethofer und Schider, Harta und Jung, Schulz und Peiffer Watenphul, die die Salzburger Kunst der Gründerzeit und klassischen Moderne repräsentieren. Eine vernachlässigte kulturhistorische Besonderheit, das Sattler-Panorama und die damit verbundenen Kosmoramen, wurde mit der Eröffnung des Panorama Museum 2005 wieder erfolgreich ins Licht gerückt. Die Gemäldesammlung war inzwischen so angewachsen, dass eine Trennung der älteren und jüngeren Bestände (ab 1800) geboten erschien, die seither zwei eigene Abteilungen bilden.

Es fehlten in Salzburg die bedeutenden Privatsammlungen und Stifterpersönlichkeiten, was sich auch für ein kommunales Museum nachteilig auswirkte. Durch die Zerschlagung des angestammten Salzburger Kunstbesitzes nach 1800 ist auch von dieser Seite wenig in den Museumsbesitz eingegangen, eher schon durch Rückkäufe in jüngerer Zeit. Daher überwiegt im Bestand noch immer das bürgerliche 19. Jahrhundert, angeführt von lokalen Malerkoryphäen wie Pezolt, Stief, Fischbach und Mayburger. Das für seine Zeit tonangebende Wirken des Salzburgers Hans Makart und die großartige Initiative der Künstlergruppe Der Wassermann von 1919 gingen an den Sammlungen fast spurlos vorbei, doch wurde hier in den vergangenen Jahrzehnten viel Boden wettgemacht. Auch die für Salzburg so wichtigen Landschaftsromantiker konnten nachgebessert werden. Einen weiteren Schwerpunkt bildet die als Blütezeit anzusprechende Salzburger Nachkriegs-Modern

Das Augenmerk zielte in einem kulturhistorisch orientierten Haus mehr auf die Breite des Spektrums als auf einen elitären Kunstanspruch. Nach wie vor ist der topografische, lokalbezogene Aspekt ein wichtiges Kriterium. Obwohl sich wegen der beträchtlichen Lücken im Bestand die Aufmerksamkeit auf das Nachholen von Versäumnissen konzentriert, wird auch der aktuellen Kunstproduktion im Rahmen des Möglichen Rechnung getragen.

Dank der überraschenden Reichhaltigkeit der Bestände sind Exponate aus dem Museum häufig und auch an prominenter Stelle im Ausstellungsgeschehen anzutreffen – ein Beweis für eine Strategie, die auf die eigenen Stärken vertraut, anstatt eine modischen „Best of“-Denken zu verfallen. Eine breite Themenpalette kann mit hauseigenen Beständen abgedeckt werden. Lange gehegtes Wunschziel wäre eine exemplarische Galerie der Salzburger Malerei, für die bis jetzt immer der Raum fehlte.