La visite débute dans les vestiges du premier cimetière catholique de Ville-Marie (1643), et se poursuit dans les fondations du Royal Insurance Building (1861-1951). Ces vestiges relatent l’histoire du site depuis la période amérindienne jusqu’au 19e siècle.
Dans un espace consacré aux familles, les jeunes découvrent le mode de vie des Iroquoiens du Saint-Laurent avec des ateliers libres sur les rôles des femmes, hommes et enfants. Les visiteurs peuvent aussi admirer les vestiges du bâtiment, le Royal Insurance Building, dont la forme triangulaire a inspiré à l’architecte Dan S. Hanganu la configuration actuelle du Musée.
Le parcours se poursuit ensuite en passant par une impressionnante canalisation voûtée en pierre construite entre 1832 et 1838 dans le lit de la rivière Saint-Pierre.