O segundo núcleo está instalado em naves oficinais entretanto desativadas, e dispõe de uma área de cerca de 2.000m2, onde se exibem viaturas de transporte, máquinas do parque oficinal, uma Oficina de Tipografia e ainda uma zona dedicada à arte no Metropolitano de Lisboa.

Na primeira nave, a exposição foca as viaturas utilizadas desde a tração animal até aos finais da década de quarenta do século XX e os carros estão no seu aspeto original e ainda uma zona dedicada à arte no Metropolitano de Lisboa.

Na segunda nave, estão expostas viaturas da segunda metade do século XX, incluindo os autocarros. Aqui, os carros estão tal como saíram de serviço. Qualquer viatura exposta neste núcleo II do Museu está apta a sair da exposição e voltar a circular na rua.

Destaca-se ainda a biografia de Alfredo da Silva, responsável pela primeira grande concentração industrial no nosso país, a Companhia União Fabril (CUF), que ficou para a história como um dos grandes dinamizadores da indústria portuguesa.

Na Carris, a sua intervenção iniciou-se em 1892 quando, ainda acionista, foi convidado pela Direção a estudar, no estrangeiro, o melhor processo para a substituição do sistema de tração animal pela tração elétrica. Em 1895 passou a integrar a Direção da Companhia onde se manteve até 1919. Alfredo da Silva faleceu em 1942.

À saída deste núcleo, encontra-se a Loja do Museu onde poderá adquirir os mais variados artigos alusivos ao Museu, à cidade e à Carris.