As coleções do museu reúnem as primeiras coleções do Fundador e as do Estácio da Veiga. Muitos outros foram adicionados, alguns vêm de outros departamentos do Estado, outros vêm de doações ou legados de colecionadores e amigos dedicados do Museu, outros vêm da intensa atividade de trabalho de campo desenvolvida pelo Museu ou por outros arqueólogos; outros de despachos do governo, dentro da lei, sempre que achados arqueológicos no País são considerados de valor nacional.