La bibliothèque, organisée dès l’ouverture du musée en 1889, est aujourd’hui spécialisée dans les arts anciens et l’archéologie de l’Asie orientale et extrême-orientale. Les collections de la bibliothèque, constituées de livres et de revues tant européennes qu’asiatiques dépassent les 100 000 volumes et comptent 1 500 titres de périodiques. Ceux-ci sont en partie répertoriés au catalogue du Système universitaire de documentation.

Le musée ayant été à l’origine un musée sur l’histoire des religions, la bibliothèque conserve de ce passé un fonds important sur les religions orientales, spécialement sur le bouddhisme. Les nouvelles acquisitions (depuis 2001) sont enregistrées dans le Catalogue collectif des bibliothèques des musées nationaux

À côté des livres européens anciens (17e-18e siècle) existent des fonds particuliers dont un ensemble de livres illustrés japonais de l’époque Edo (700 titres), des ouvrages tibétains (plus de 2000 titres, dont la bibliothèque d’Alexandra David-Néel), des cartes chinoises de la dynastie Qing (collection Arnold Vissière), des textes ourdous (provenant de la collection de Joseph Héliodore Garcin de Tassy), des fragments de manuscrits ouïgours, des papiers d’orientalistes (A. Barth, E. Chavannes, R. Ghirshman, P. Pelliot, etc.).