Das Museum für Byzantinische Kunst besitzt eine erstrangige, in Deutschland unvergleichbare Sammlung spätantiker und byzantinischer Kunstwerke und Alltagsgegenstände. Der Schwerpunkt liegt auf der Kunst des Weströmischen und des Byzantinischen Reiches aus der Zeit vom 3. bis zum 15. Jahrhundert, hinzu kommt eine große Zahl nachbyzantinischer Ikonen und Kleinkunstwerke.
Die Kunstwerke des Museums stammen aus nahezu allen Gegenden des antiken Mittelmeerraumes, aus Rom und Italien, aus Istanbul (dem byzantinischen Konstantinopel) und der Türkei, aus Griechenland und den Balkanländern, aus Ägypten, Nubien, Äthiopien, Nordafrika, aus den Ländern des Nahen Ostens und Russland, ganz entsprechend der Ausdehnung des West- und Oströmischen Reiches und der Staaten, die das Erbe der byzantinischen Kultur angetreten haben.
Innerhalb dieses breiten Spektrums hat die Berliner Sammlung ihr unverwechselbares Profil herausgebildet, das von vier Schwerpunkten bestimmt wird: Spätantike Sarkophage und Sarkophagfragmente aus Rom bieten ein Panorama der frühen christlichen Ikonographie in der Hauptstadt des Weströmischen Reiches. Der reiche Bestand figürlicher und ornamentaler Skulptur aus dem Oströmischen Reich ermöglicht das Studium der stilistischen Vielfalt und Veränderung dieser Gattung, wie es sonst nur noch in der Sammlung des Archäologischen Museums in Istanbul möglich ist. Kostbare Elfenbeinschnitzereien und Mosaikikonen zeugen von dem hohen handwerklichen und künstlerischen Standard byzantinischer Hofkunst. Gegenstände des Alltags und der christlichen Religion aus Ägypten geben Hinweise auf das tägliche Leben und die Ausstattung liturgischer Abläufe. Darunter sind auch Bodenfunde aus organischen Materialien wie Holz und Textilien, die ihre Erhaltung dem heißen und trockenen Wüstenklima Ägyptens verdanken.