En 1831, le Roi Léopold I crée une force navale afin de protéger la côte nationale et l’Escaut. Elle est aussi censée supporter les tentatives coloniales belges. En 1862, cette Marine royale est cependant dissoute, faute d’intérêt et d’argent.

Un nouvel essai est tenté après la Première Guerre mondiale, mais il faudra attendre 1946 pour voir une Marine structurée et définitive.

Dans la cour triangulaire du Musée, la section Marine expose le yacht à moteurAvila de feu le roi Baudouin ainsi que la vedette fluviale La Meuse.

Jusqu’au début des années ‘60, cette dernière est utilisée par la Marine belge comme bateau de liaison ou pour des missions de représentation. Durant les inondations catastrophiques de l’hiver ‘53, la Marine engage ces bateaux pour approvisionner et évacuer les populations sinistrées. La Meuse pouvait atteindre une vitesse maximale de 19 nœuds.

L’ancien bateau de plaisance du roi Baudouin et de la reine Fabiola, l’Avila était surtout utilisé lors de leurs vacances en Espagne où il avait son port d’attache. Après le décès du souverain, la reine Fabiola a fait don du yacht au Musée de l’Armée.

À l’arrière-plan de ces deux bateaux se déploie un immense tableau de 10 mètres de haut et de 40 mètres de long.

Semblant resurgir du passé, d’illustres navires comme le navire de soutien logistique pour dragueur de mines (A957) Kamina, le dragueur (chasseur) de mines océaniques (M903) Dufour, la goélette Louise Marie, la corvette (K193) Buttercup et la frégate (F910) Wielingen fendent les vagues déchaînées de la mer du Nord.

À l’heure actuelle, l’armée ne se contente plus simplement de protéger le territoire, mais est de plus en plus impliquée dans la sauvegarde des intérêts de l’Alliance Atlantique. En tant que membre actif de l’OTAN, la Marine belge est prête à participer aux opérations défendant des intérêts communs. C’est ainsi que celle-ci a participé aux opérations menées en ex-Yougoslavie, en Irak et en Somalie. Elle s’attachait principalement à la neutralisation de torpilles, aux patrouilles dans les eaux internationales et au déminage.

La Marine est cependant très active dans d’autres domaines : études scientifiques avec le Belgica, opérations de sauvetage en mer, protection des zones de pêches côtières, lutte anti-mines.

La Salle Marine du Musée royal de l'Armée met en valeur diverses pièces de collection issues des réserves du Musée, des documents, photographies, films, maquettes et uniformes, ainsi qu’un Poisson Autopropulsé (PAP), qui servait à bord des chasseurs de mines belges. Cet ensemble cohérent relate l’histoire et l’évolution de la Marine belge depuis sa création en 1831. Il permet aux visiteurs de mieux appréhender le passé historique de la marine et des marins ainsi que l’important rôle qu’ils jouent en Belgique et en Europe.

En mars 2016, le Musée a ouvert un nouvel espace consacré aux opérations militaires en Antarctique.