Codirectora del Instituto Universitario de Derechos Humanos, Democracia, Cultura de Paz y No Violencia (DEMOSPAZ-UAM). Doctora en Sociología y Antropología por la Universidad Complutense de Madrid. Pedagoga especializada en educación para la paz y el desarrollo y en estudios de paz. De 2007 a 2013 fue presidenta de la Asociación Española de Investigación para la Paz (AIPAZ). Vicepresidenta y cofundadora de WILPF-España desde 2011, una organización que aborda la construcción de paz desde la perspectiva de género.
Durante más de dos décadas ha trabajado en el seno del tercer sector, en ONG de desarrollo, y en centros de estudios sobre paz y conflictos vinculados al movimiento pacifista español.. En 1995 se incorporó al Centro de Investigación para la Paz (CIP), un centro pionero de los estudios de paz en España. De 2004 a 2007 fue directora del CIP y de su revista Papeles de cuestiones internacionales, y coordinadora del Anuario de Paz y Conflictos de dicho centro.
En 2008 fundó el Centro de Educación e Investigación para la Paz (CEIPAZ), como centro de estudios e investigación sobre paz y conflictos y sobre educación para la paz y para el desarrollo dentro de la Fundación Cultura de Paz, del ex secretario general de UNESCO Federico Mayor Zaragoza.
De 2007 a 2013 fue presidenta de la Asociación Española de Investigación para la Paz (AIPAZ), que agrupa a los principales centros de investigación para la paz de España. En 2009 fue nombrada vocal experta del Consejo de Cooperación al Desarrollo, órgano de consulta de la Secretaría de Estado de Cooperación Internacional (SECI) del Ministerio de Asuntos Exteriores y de Cooperación de España.
Es miembro del panel de expertos del Global Peace Index, y desde 2011 es representante en España y vicepresidenta de la Women International League for Peace and Freedom (WILPF).
Desde 2016 ha sido nombrada Codirectora del Instituto Universitario de Derechos Humanos, Democracia, Cultura de Paz y no Violencia (DEMOSPAZ) en la Universidad Autónoma de Madrid. Docente y conferenciante sobre cultura de paz, educación para el desarrollo y género y construcción de paz en el ámbito estatal e internacional.
Ha participado en la I Cumbre de Mujeres y Paz celebrada en Bogotá y en diversos proyectos de construcción de paz en Colombia desde el Centro de Investigación para la Paz.
Manuela Mesa (Coord.), Derechos humanos y seguridad internacional. Anuario 2017-18. Madrid: CEIPAZ, 2018, ISSN 2174-3665.
Manuela Mesa (Coord.), Retos inaplazables en el sistema internacional. Anuario 2015-16. Madrid: CEIPAZ, 2016, ISSN 2174-3665.
Manuela Mesa (Dir), 1325 mujeres tejiendo la paz. Madrid: CEIPAZ, Icaria, 2009, ISBN:978-84-9888-129-5.
Manuela Mesa, Laura Alonso y Elena Couceiro, Visibles y transgresoras: narrativas y propuestas visuales para la paz y la igualdad. Madrid: CEIPAZ,2013, ISBN 84-616-4800-5.
Manuela Mesa y Francisco Rojas (Coord.). Inseguridad y violencia en América Latina. Pensamiento Iberoamericano 2. Madrid: AECID y Fundación Carolina, ISSN 0212-0208.